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Der Wurzelhals ist die schmale Übergangzone, in der sich das Wurzelsystem einer jungen Pflanze vom oberirdischen Stengelgewebe zu differenzieren beginnt. Bei den meisten Keimlingen ist diese Zone nicht visuell unterscheidbar, gekennzeichnet nur durch subtile Veränderungen in der Zellstruktur und den Punkt, an dem die Wurzelhaarentwicklung beginnt. Sie sitzt knapp oberhalb der primären Wurzelspitze und unterhalb des Hypokotyls und funktioniert als strukturelle und physiologische Grenze zwischen zwei grundlegend unterschiedlichen Gewebesystemen.

Landwirtschaftliche Arbeitskräfte treffen auf den Wurzelhals am direktesten beim Umgang mit Setzlingen und bei der Bewertung der Keimlingqualität. Beim Einpflanzen von Setzlingen in den Boden sollte der Wurzelhals typischerweise auf oder knapp oberhalb der Bodenoberfläche sitzen, je nach Kultur. Zu tiefes Pflanzen mit dem Wurzelhals deutlich unter der Oberfläche kann die Wasserbewegung durch das sich entwickelnde Leitungsgewebe behindern und Fäulnis fördern. Umgekehrt setzt das zarte Gewebe, wenn es zu hoch freigelegt wird, der Austrocknung und mechanischen Beschädigungen aus.

Die Position und der Zustand des Wurzelhalses sind besonders wichtig in hochwertige Baumschulkulturen und Gemüseproduktion. Bei Tomaten, Paprika und Kreuzblütern deutet ein gesunder Wurzelhals-Übergangbereich auf eine ordnungsgemäße Wurzel-Spross-Entwicklung hin. Beschädigungen in dieser Region während des Umschulens, durch Krankheitsdruck (Umfallpilze kolonisieren hier leicht) oder durch unsachgemäße Abhärtung können sonst kräftige Keimlinge zurückwerfen oder abtöten. In Baum- und Strauchbaumschulen wird der Wurzelhals-Durchmesser manchmal als grobes Maß für die Reife des Wurzelsystems verwendet.

Der Begriff stammt aus dem Lateinischen collum, was Hals bedeutet und die anatomische Ähnlichkeit mit einer verengten halsähnlichen Zone widerspiegelt. Im Gegensatz zu Tieren haben Pflanzen keinen echten Gefäßhals, daher ist die Wurzelhals-Grenze eher allmählich als abrupt. Das Fehlen einer offensichtlichen Abgrenzung bei den meisten Arten ist der Grund, warum Feldarbeiter sich oft auf den Kontext verlassen: wo die Transplantaturzeln die Wurzelhaar-Dichte nicht mehr zeigen oder wo die Stengelfarbe wechselt, liegt die Wurzelhals-Region in der Nähe.

Bei Samen mit großen Keimblättern oder dicken Hypokotylen kann die Wurzelhals-Zone leicht sichtbarer sein. Sie bleibt jedoch praktisch unsichtbar bei feinfaserigen Kulturen wie Salat- oder Möhrenkeimlinge. Das Verständnis für ihre Existenz, auch wenn sie nicht wahrnehmbar ist, hilft zu erklären, warum die Pflanztiefen-Toleranzen enger sind als viele Erzeuger zunächst annehmen, und warum Wurzelfäule-Organismen Keimlinge oft an dieser genauen schwachen Stelle in der Überganszone beschädigen.